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A limpeza do biogás é realizada por absorção física ou lavagem com água: uma das tecnologias mais difundidas, pode ser instalada com e sem recuperação da água de lavagem e também opera com tamanhos reduzidos.
A absorção pode ocorrer em torres de fluxo paralelo, contracorrente ou cruzado.
O sulfeto de hidrogênio (H2S) deve ser separado antes da lavagem porque é corrosivo, isso será feito através de um filtro de cloreto de ferro.
A atualização pode ser alcançada através de adsorção química, membranas ou criogênese.